O projeto biodiesel Barralcool teve seu inicio muito antes do  marco regulatório do inicio do programa que começou em 2005, se deu através da empresa ECOMAT que fica em Cuiabá com estudos iniciados no ano de 2000, inicialmente a pesquisa e testes estavam sendo realizados com um aditivo que permitia o uso da mistura de álcool ao diesel de petróleo, logo após a academia começar a falar em biodiesel e a Ecomat fez as primeiras experiências com este produto em laboratório.

Como a empresa era formada por mais sócios e a Barralcool, sendo que os mesmos não quiseram fazer investimentos para adequação da produção para aumentar a capacidade de biodiesel para dar viabilidade a mesma, a Barralcool tomou a decisão de investir com a integração de uma unidade de produção de biodiesel a uma usina de etanol e açúcar.

E em novembro de 2006 entra em funcionamento a primeira usina de biodiesel do mundo integrada com uma unidade
sucroalcooleira, este investimento efetuado pela Barralcool foi possível por acreditar na evolução dos biocombustíveis. A unidade foi implantada pela empresa Dedini e conta com tecnologia de ponta, desenvolvida pela empresa Italiana Balestra, a planta de biodiesel tem uma série de características inovadoras e de conceito completo, com o tratamento das matérias-primas, e podendo se utilizar de qualquer tipo de óleos vegetais e gorduras animais, aproveitando de melhor forma os sub-produtos, como é o caso do tratamento da glicerina, a fabricação de biodiesel pode ser efetuada com o processo de transesterificação e esterificação. A unidade segue padrões internacionais de segurança.

A unidade de biodiesel tem capacidade de produção de 194 m3 de biodiesel/dia.

Estamos produzindo atualmente em torno de 28 mil m3/ano.

A Usina Barralcool tem o Selo Social do Biodiesel do MDA – Ministério do Desenvolvimento Agrário, em função do
trabalho que vem realizando junto a agricultura familiar do estado, prestando assistência técnica e e garantia de compra de produtos.